Мутація коронавірусу: що відомо про новий штам, який налякав увесь світ?

22 грудня 15:02

Мутація коронавірусу: що відомо про новий штам, який налякав увесь світ?

22 грудня 15:02

Коронавірус SARS-CoV-2, який викликає COVID-19, мутує так само, як і будь-який інший вірус. Це не новина, і мутації фіксували весь час його існування. Однак вони не викликали настільки нервову реакцію, як виявлення B.1.1.7 або VUI-202012/01 (Variant Under Investigation - досліджуваний варіант).

Влада Великої Британії повідомила про те, що зафіксована в країні мутація має підвищену заразність. Європейські країни одна за одною закривають авіасполучення і кордони, у Великій Британії посилюють карантин.

Українське небо для лайнерів з Британії не закрили, а нашим громадянам лише рекомендували утриматися від поїздок в країну.

Nash.Live зібрав основні відомості про B.1.1.7 або VUI-202012/01.

Зміст

Штам коронавірусу, що викликає COVID-19, було виявлено в Ухані в грудні 2019 р. Під час своєї ходи планетою, він постійно мутує. Початковий, L, наразі практично зник. Крім нього є ще сім основних штамів: GR, G, GH, O, S, GV і V.

Філогенію або розвиток нового коронавірусу, можна побачити нижче.

Філогенія штамів

Філогенія по регіонах світу

 

Більш детально вивчити зміни коронавірусу можна на платформі Nextstrain

Тобто мутації відслідковуються і фіксуються постійно. У жовтні Консорціум COVID-19 Genomics UK секвенував, тобто виявив послідовність нуклеотидів в ДНК, в двох зразках, взятих 20 і 21 вересня в Кенті і Лондоні. Ці зразки викликали тривогу в зв'язку з кількістю мутацій та їх локалізацією.

Ми наведемо цитати зі звіту про новий штам. Перша - про надзвичайно велику кількість мутацій B.1.1.7 (загалом зафіксовано 17):

"Лінія B.1.1.7 несе більшу, ніж зазвичай, кількість вірусних генетичних змін. Накопичення 14 замін амінокислот... на сьогоднішній день є безпрецедентним в глобальних даних щодо вірусного геному для пандемії COVID-19. У більшості гілок глобального філогенетичного дерева SARS-CoV- 2 виявлено лише кілька мутацій, і мутації накопичуються з відносно постійною швидкістю з плином часу ".

Друга про локалізацію мутацій:

"B.1.1.7 має незвично велику кількість генетичних змін, особливо в шиповому білку. Три з цих мутацій мають потенційні біологічні ефекти".

Одна, N501Y, збільшує зв'язку білка вірусу з клітинами людини. Тобто може вказувати на потенційно більш високу заразність і поширення. Ту ж мутацію раніше виявили в геномі коронавірусу в Південній Африці, в трьох провінціях, Східний Кейп, Західний Кейп і Квазулу-Натал, де кількість заражень зростає.

Є й гіпотеза про виникнення штаму, який виявили у Великій Британії:

"Незвичайна генетична дивергенція лінії B.1.1.7 могла бути результатом, принаймні частково, еволюції вірусу у хронічно інфікованої людини".

Поки що стосовно нового штаму всі прогнози - теорія. Епідрозслідування триває. Однак 14 грудня міністр охорони здоров'я Великої Британії Метт Хенкок повідомив про те, що спалах захворюваності на південному сході країни пов'язаний саме з цим штамом. Також дві третини заражень в Лондоні теж пов'язують з ним.

Прем'єр-міністр Борис Джонсон повідомив, що нова мутація збільшує заразність на 70%. Йдеться про збільшення показника R - репродуктивного числа. Це та кількість людей, яку заразить один інфікований. R не є постійним числом. Показник відрізняється від регіону до регіону. У Великій Британії становить 0,39, і якщо заразність нового штаму вища на 70%, то репродуктивне число може вирости до 0,93%.

За даними Центру громадського здоров'я України станом на 21 грудня репродуктивне число становить 0,91 і збільшення на 70% - це його зростання до 1,5.

Дані про 70% - з презентації доктора Імперського коледжу Лондона Еріка Волца. 

Є й дані про 67-75%, наведені на підставі розрахунків британської консультативної групи з питань загроз нових респіраторних вірусів (NERVTAG).

Поки що більш висока заразність штаму не доведена, а також немає точних даних й про те, що він більш небезпечний.

"Наразі немає доказів того, що цей штам викликає більш важкі захворювання, хоча він виявляється в широкій географії", - цитує медичного радника NHS Test and Trace і Public Health England Сьюзан Хопкінс видання British Medical Journal.

Є сухі цифри. Серед 915 випадків зараження новим штамом зафіксовано чотири летальних і чотири повторних. Це дані NERVTAG. ЗМІ також цитують представників групи, які повідомили про те, що новий штам може викликати більшу кількість заражень серед дітей.

Зростаючу кількість випадків серед молоді зафіксували в Південній Африці, де штам вірусу має ту ж мутацію, що і B.1.1.7 - описану нами вище N501Y. Але тут є два нюанси. По-перше, спалах захворюваності міг статися в зв'язку з масовими святкуваннями закінчення іспитів в Південній Африці. По-друге, припущення про потенційні нові випадки у молоді ґрунтується і на тому, що в принципі своєму є прогнози про зростання кількості заражень.

Крім Великої Британії новий штам виявили в Данії, Австралії, Нідерландах, Італії та Ісландії. Можливо випадків більше, але далеко не скрізь вчені проводять секвенування геному коронавірусу. Видання Financial Times наводить слова Мадса Альбертса, експерта з мікробної генетики з данського Університету Ольборга:

"Якщо ви не будете шукати, ви не знайдете. Я не можу уявити, щоб він не поширився по всьому світу, це здається нереальним. Він так довго перебуває у Великій Британії, що має бути у всіх країнах".

Випадки зараження визначили за допомогою ПЛР-тестів, отже, вони працюють. Є мутація в спайковому білку, в одній з мішеней ПЛР-тестів. Однак тести використовують не одну, а дві і більше мішеней. У Великій Британії та США, де визначають три і більше мішеней, на потенційні проблеми з діагностикою не чекають.

"В Україні більшість тестів визначає дві мішені у вірусі, і не зачіпають RBD ділянку вірусу. Це означає, що ризики того, що тести не будуть виявляти новий штам вкрай малі", - написав український генетик, засновник і науковий директор лабораторії Diagen, Олександр Коляда .

Судячи з реакції головного санлікаря Віктора Ляшко, стовідсоткового спокою немає. Наприкінці грудня Центр громадського здоров'я збере виробників і постачальників тест-систем ПЛР. Щоб відкоригувати тестування і "додати мішень, яка буде виловлювати білок нового вірусу", як уточнив Ляшко.

Є три провідні вакцини, на закупівлі яких зараз орієнтовані розвинені країни: Pfizer/BioNTech, Moderna і Oxford/AstraZeneca.

Оцінки їх ефективності при появі нового штаму стримано оптимістичні. У British Medical Journal вважають малоймовірним, що мутації в спайковому білку зроблять вакцинацію неефективною. Там вказують, що SARS-CoV-2 мутує не так швидко, як вірус грипу, і вакцини, які досі довели свою ефективність в ході випробувань, є таких типів, які за необхідності можна легко змінити.

Але оскільки кількість мутацій зростає, в перспективі препарати доведеться коригувати. Це ми щорічно проходимо під час вакцинації від сезонного грипу. Він мутує, і вакцину адаптують.

Якщо Ви виявили помилку в тексті, виділіть її мишкою і натисніть Ctrl + Enter

Підпишіться на НАШ у соціальних мережах

Коментарі

фото користувача
Для коментування матеріалу або зареєструйтеся
+ Більше коментарів

Новини партнерів

Загрузка...
^